大兴安岭垦区开发于1960年，1969年划归黑龙江省，1979年又回归内蒙古自治区。垦区发展前期，由于历史原因，加上计划经济的影响，致使垦区长期亏损。1985年，大兴安岭垦区提出了以放权让利为核心的改革思路，全面兴办职工家庭农场，实行了大农场套小农场、统分结合的双层经营体制，实现了“四到户”（土地、机械、核算、盈亏）、“两自理”（生产和生活费用），从根本解决了“农场出钱，职工种田，负盈不负亏”的矛盾，企业和职工迸发出前所未有的生产积极性，垦区的经济和社会都有了较大的发展。
但随着市场经济的不断深入和经济全球化步伐加快，垦区以行政管理为主的传统体制，特别是政企合一体制的种种弊端逐步凸现。如规模不够、投资缺口大、社会和社保负担重等，严重地制约着垦区经济的发展。为适应市场经济发展需要，早在1994年，垦区就向原呼伦贝尔盟呈报了《大兴安岭农场管理局体制改革方案》。改革方案中明确提出了组建企业集团和建立现代企业制度试点的12条配套政策和措施，主要包括授予企业集团国有资产经营权、土地经营权、对外经营权、投融资权、剥离社会职能、实行市或自治区养老保险和医疗保险统筹等政策措施。但由于当时的主客观条件制约，导致改革未能实行。
2002年1月，自治区党委办公厅、政府办公厅下发了《关于加快推进全区国有农牧场改革的通知》（内党办发〈2002〉2号），为深化垦区管理体制改革提供了政策基础。2002年8月28日自治区政府决定，把海、大两局下放给呼伦贝尔市实行属地管理，要求呼伦贝尔市政府从实际情况出发制定改革方案，推进海、大两局的改革。2003年8月3日，自治区党委、政府正式批准实施《大兴安岭农垦（集团）有限责任公司组建方案》。按照集团成立之初确立的“建设符合市场经济要求的现代化农垦企业”发展方向，全面调整集团公司组织结构，打破以农场经营为主的传统体制框架，以垦区为整体，以产业为主线，通过兼并、收购、入股等市场手段，对垦区优势产业和优势资源进行跨区域整合，组建油脂、畜产品、矿泉水、物资石油、粮油经销5大专业公司。同时，围绕专业公司的发展需要，把8个农场改造成为农业分子公司或生产基地，通过基地连结职工家庭农场和周边的农户。重新定位集团公司各层级职能。明确集团母公司为垦区的决策中心，进一步加强了发展决策权、资产运营权、财务监控权、经营者选择权等核心功能。
按照内蒙古自治区人民政府关于农垦体制改革的总体要求，2004年实行转制组建了大兴安岭农垦集团公司。集团公司改制后，为改变过去分散经营、各自为战的局面，形成“拳头”、开拓市场，垦区从加强企业管理入手，健全完善各项制度。先后出台了经营管理“十不准”和资金收支“两条线”制度，大宗物资统一采购规定和农产品统一销售规定等。实行了财务科长委派制和财务预算制。加大清理各类欠款力度。规范了国有资产管理和内部审计工作，实现了国有资产增值5000多万元。
十年多来，农垦集团化、股份化、产业化发展步伐逐年加快，特别是2012年呼伦贝尔市将海拉尔垦区、大兴安岭垦区合并组建为呼伦贝尔农垦集团。通过两年来的实践证明，呼伦贝尔市委、市政府的决策是正确的。呼伦贝尔农垦集团也完全具备打造呼伦贝尔市产业化航母的能力、优势和基础，特别是在人才、科技、产业、环境等方面，加快实施资源整合，做大做强，发展多元经济，壮大优势产业，使农垦集团的领先、示范、带动作用在原有基础上大幅增强。与此同时，垦区按照国家农垦局的指示大力实施“联合联营联盟，打造国际大粮商”战略，深化对外合作，着力打造安全、绿色、有机的“呼伦贝尔品生态”品牌，建设具有农垦特色的绿色农畜产品生产加工输出基地，加快职工增收致富进程，内外部发展环境不断优化，经济社会发展和民生事业稳步推进，呈现出良好发展势头。
